Педиатрическое отделение №2 принимает пациентов с заболеваниями печени аутоиммунной, вирусной этиологии, наследственными болезнями обмена (гликогеновая болезнь, дефицит лизосомной кислой липазы, болезнь Вильсона, галактоземия и др.), циррозами, синдромом мальабсорбции, целиакией, муковисцидозом, сахарным диабетом, ожирением, недостаточностью питания, бронхиальной астмой, а также для детей с редкими и генетическими заболеваниями (прогрессирующая мышечная дистрофия Дюшенна, синдромом Дауна, синдром Алажилля, гипофосфатазия, доминантный Х-сцепленный гипофосфатемический рахит и др.).

В отделении действует Центр муковисцидоза, где в лечении и обследовании применяются современные методы согласно клиническим рекомендациям. В диагностике наследственных болезней обмена, других орфанных заболеваний используются современные молекулярно-генетические методы. Детям с болезнями обмена проводится непрерывный мониторинг глюкозы. Детям с сахарным диабетом 1 типа производится установка помпы под контролем системы суточного мониторирования глюкозы. В учреждении лечат ожирения у детей с использованием передовых технологий – аналога глюкагоноподобного пептида 1. Также проводится биологическая терапия бронхиальной астмы.