В консультативно-диагностическом отделении N2 ведут прием врачи различных специализаций, проводятся эндоскопические исследования, а также исследования с помощью методов функциональной и лучевой диагностики. В отделении имеется дневной стационар для детей с заболеваниями органов пищеварения и кожными болезнями.

Отделение оснащено современным оборудованием экспертного класса фирмы FUJIFILM, (эндоскопы, процессоры осветители), электрохирургическим оборудованием производства ARS. Ежегодно в отделении проводится около 2,5 тысяч эндоскопических исследований, в том числе видеокапсульная эндоскопия.

Кроме того, в Институте педиатрии накоплен уникальный опыт проведения МРТ–панкреатохолангиографии, МР-энтерографии детям различного возраста.