Научные исследования, проведённые под руководством и непосредственном участии Евгении Ивановны Шабуниной, касались наиболее актуальных проблем детской гастроэнтерологии: хронических болезней печени, билиарного тракта, гастродуоденальной области, патологии кишечника. Плодотворно и последовательно она проводила работу по поиску и внедрению новых научных технологий по диагностике, лечению, профилактике и диспансеризации заболеваний органов пищеварения у детей. Ее научные труды по болезням печени у детей послужили основой для формирования нового научного направления - гепатологии детского возраста. Евгения Ивановна - один из ведущих российских специалистов-гепатологов.

Она является автором почти 400 научных публикаций, в том числе монографий, руководств и справочников. Под руководством Е.И. Шабуниной подготовлены и защищены 5 докторских и 17 кандидатских диссертаций.

Евгения Ивановна внесла большой вклад в организацию и развитие гастроэнтерологической службы России. Проведённые под ее руководством научные исследования послужили обоснованием для ряда приказов Министерства здравоохранения РФ, регламентирующих профилактику, раннюю диагностику и лечение болезней органов пищеварения у детей. При непосредственном участии Е.И. Шабуниной на базе института был создан Республиканский центр детской гастроэнтерологии, а также региональные центры муковисцидоза и воспалительных заболеваний кишечника.

Евгения Ивановна была постоянным участником и организатором научных медицинских форумов, съездов, конференций, курсов усовершенствования по педиатрии и детской гастроэнтерологии.

Евгения Ивановна Шабунина была членом диссертационного совета по педиатрии, внутренним болезням и радиологии при Нижегородской медицинской академии (ныне ПИМУ), членом редакционных советов журналов «Российский педиатрический журнал» и «Детская гастроэнтерология».

Ее плодотворная научная, врачебная и педагогическая деятельность отмечена различными государственными наградами. За большие заслуги в деле охраны здоровья детей Евгении Ивановне было присвоено звание «Заслуженный врач Российской Федерации», она награждена почётным знаком «Отличник здравоохранения», бронзовой медалью ВДНХ СССР за разработку высокоэффективных методов диагностики болезней печени, является лауреатом премии академика И.Н. Блохиной за работы в области медицинской биотехнологии.

Евгения Ивановна была неравнодушным и творческим человеком, беззаветно преданным своему делу. Высочайший профессионализм, целеустремлённость, огромный жизненный опыт, мудрость, трудолюбие и самоотдача снискали ей заслуженное признание и глубокое уважение коллег, многочисленных учеников, врачей города и специалистов России. Она навсегда останется примером служения профессии врача, примером яркого учёного и наставника. Ее отличали искреннее внимание и желание помочь людям, доброта, скромность.

Светлая память о Евгении Ивановне Шабуниной навсегда останется в наших сердцах.

Коллектив Института педиатрии Университетской клиники ПИМУ, сотрудники, коллеги, друзья, многочисленные ученики.